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Facturación en salud en Colombia: guía completa 2026

06/10/2024  |  7 min de lectura  |  Medifolios
Qué es la facturación en salud, quién debe hacerla y cómo se factura con FEV y RIPS ante la EPS. Guía operativa 2026 para IPS y consultorios.

La facturación en salud es el proceso por el que una IPS o un profesional independiente cobra los servicios que prestó, uniendo la factura electrónica de la DIAN con los RIPS que exige el Ministerio de Salud. Sin RIPS válidos y soportes completos, la cuenta se glosa o se devuelve y el pago se retrasa.

¿Qué es la facturación en salud?

La facturación en salud es el conjunto de pasos que convierten una atención prestada en un cobro válido ante la EPS o la entidad responsable del pago. A diferencia de una factura común, la factura de servicios de salud debe cumplir a la vez dos mundos: el tributario, ante la DIAN, y el sanitario, ante el Ministerio de Salud.

Por eso una factura en salud no viaja sola. Va acompañada de los RIPS (el detalle asistencial de cada servicio) y de los soportes de la cuenta. La Factura Electrónica de Venta (FEV) y los RIPS son las dos piezas que el pagador revisa antes de aceptar el cobro.

¿Quién debe facturar servicios de salud?

Debe facturar en salud todo prestador que cobre por una atención: IPS públicas y privadas, clínicas, hospitales, laboratorios y el profesional de salud independiente. La obligación de emitir factura electrónica es de la DIAN y aplica a quien preste el servicio, sea a una EPS, a una aseguradora o directamente al paciente.

Si tienes dudas sobre en qué casos aplica la factura electrónica y desde cuándo, revisa la guía de obligados a facturar electrónicamente en salud.

¿Cómo se factura en salud, paso a paso?

Facturar en salud en Colombia implica cumplir a la vez con la DIAN y con el Ministerio de Salud. El proceso, paso a paso, es:

  • 1. Registrar la atención: la consulta, el procedimiento o la fórmula quedan en la historia clínica electrónica.
  • 2. Generar los RIPS: se arman los RIPS en JSON con los códigos CIE, CUPS y demás campos obligatorios.
  • 3. Emitir la factura electrónica: se genera el XML, se firma digitalmente y se obtiene el CUFE (Código Único de Factura Electrónica) ante la DIAN.
  • 4. Validar y armar los soportes: factura, RIPS, historia clínica, autorización y anexos según la Resolución 948 de 2026; los RIPS se validan ante el MinSalud para obtener el CUV.
  • 5. Radicar ante el pagador: se envía el paquete a la EPS o entidad responsable para el cobro.

Cuando la historia clínica, los RIPS y la factura viven en la misma plataforma, facturar deja de ser un proceso de días y pasa a ser cuestión de minutos.

Normativa: Resolución 948 de 2026 y factura electrónica

Dos normas marcan hoy la facturación en salud. Por el lado sanitario, la Resolución 948 de 2026 del Ministerio de Salud rige los RIPS y el mecanismo FEV-RIPS, y reemplazó a la 2275 de 2023. Por el lado tributario, la Resolución Única DIAN 000227 de 2025 consolida y actualiza las reglas de la factura electrónica vigentes para 2026.

En la práctica, esto significa que la factura y los RIPS deben ser coherentes entre sí y quedar validados antes de radicar. La normativa fija las reglas; el software ayuda a cumplirlas al generar los RIPS, armar la FEV y verificar la consistencia antes del envío.

Errores frecuentes que generan glosas

Buena parte de las devoluciones no vienen de la atención sino de la cuenta mal armada. Los errores más comunes al facturar en salud son:

  • Diferencias entre el valor de los RIPS y el total de la factura.
  • Códigos CUPS o CIE desactualizados o en un rango no permitido como diagnóstico principal.
  • Soportes incompletos: falta la autorización, el documento del paciente o un anexo.
  • Tipo de documento o de usuario incompatible con la edad o el régimen del paciente.

Cada uno de estos genera una glosa. Si quieres entender cómo se clasifican y cómo responderlas, revisa la guía de causales de glosas médicas. Validar la cuenta antes de radicar ayuda a reducir estas devoluciones.

Cómo Medifolios ayuda a facturar en salud

Medifolios integra la facturación en salud dentro del mismo sistema donde vive la historia clínica. Al registrar la atención, el módulo de facturación genera los RIPS y arma la FEV con los soportes de la Resolución 948 de 2026, sin digitar dos veces la información. Automatiza gran parte del proceso, de forma más simple para el equipo administrativo.

  • RIPS y FEV en un solo flujo: el sistema genera los RIPS desde la atención y arma la factura electrónica con su CUFE.
  • Validación previa: verifica la consistencia entre RIPS y factura antes de radicar, lo que ayuda a reducir glosas.
  • Armado de cuentas: recopila los soportes de los distintos módulos y los deja listos para el pagador.
  • Cartera y contratos: reportes para hacer seguimiento al cobro y a la rentabilidad por contrato.

El software no factura por ti ni reemplaza al facturador: le ahorra la digitación repetitiva y le ayuda a que la cuenta salga completa a la primera. La decisión y la revisión siguen siendo del equipo.

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Preguntas frecuentes

¿Qué es la facturación en salud?

Es el proceso por el que una IPS o un profesional independiente cobra los servicios de salud prestados, uniendo la factura electrónica de la DIAN con los RIPS del Ministerio de Salud. La factura y los RIPS viajan juntos al pagador y deben ser coherentes entre sí para que la cuenta no se glose.

¿Cómo se factura en salud en Colombia?

Se registra la atención en la historia clínica, se generan los RIPS en JSON, se emite la factura electrónica con CUFE ante la DIAN, se validan los RIPS y se arman los soportes según la Resolución 948 de 2026, y se radica ante el pagador. Con un software integrado, todo ocurre desde una sola plataforma.

¿Quién debe facturar servicios de salud?

Debe facturar todo prestador que cobre una atención: IPS públicas y privadas, clínicas, hospitales, laboratorios y profesionales independientes. La obligación de emitir factura electrónica es de la DIAN y aplica sin importar si se cobra a una EPS, a una aseguradora o al paciente.

¿Qué se necesita para facturar servicios de salud?

Historia clínica de la atención, RIPS correctos, factura electrónica con CUFE, y los soportes de la Resolución 948 de 2026 (autorización, documento del paciente, anexos). Sin RIPS válidos y soportes completos, la cuenta es glosada o devuelta.