Última actualización: julio de 2026.
En corto: la obligación de facturar electrónicamente en Colombia aplica a la gran mayoría de los prestadores de salud, no solo a los negocios comerciales. El médico independiente, el consultorio y la IPS quedan cubiertos según su situación tributaria. Y en salud hay un paso extra: esa factura electrónica tiene que articularse con la FEV-RIPS y el reporte de RIPS. Aquí lo explicamos en lenguaje claro y para tu caso.
La mayoría de las guías sobre "quiénes están obligados a facturar electrónicamente" están escritas para cualquier negocio: responsables de IVA, personas naturales, topes de ingresos, régimen simple. Útiles, pero dejan al prestador de salud con la misma duda de siempre: ¿a mí, que soy médico o que dirijo una IPS, me aplica igual que a una tienda?
Esta guía responde esa pregunta para el sector salud. Está pensada para médicos independientes, consultorios e IPS, no para el contador de un comercio. Verás quién está obligado según la regla general de la DIAN, cómo se traduce eso al caso de salud y, sobre todo, cómo la facturación médica se conecta con la FEV-RIPS y el reporte de RIPS, que es lo que de verdad complica al prestador.
La regla general de la DIAN es amplia: la factura electrónica de venta es el estándar obligatorio para quienes deben facturar. En términos simples, están obligados a facturar electrónicamente:
Existen algunas excepciones y figuras como el documento equivalente para ciertos casos, pero la tendencia de la DIAN es clara: cada vez más contribuyentes entran en la facturación electrónica. El marco vigente está compilado en la Resolución Única DIAN 000227 de 2025, que integra la Resolución 000165 de 2023 y sus modificaciones. Como estas reglas y los topes se actualizan, confirma siempre la versión vigente en el normograma oficial de la DIAN y tu caso puntual con tu contador.
Nota: este artículo es informativo y no reemplaza la asesoría de tu contador ni la de la DIAN. Los topes y condiciones dependen de tu situación tributaria concreta; confírmala con un profesional o directamente con la entidad.
Aquí está el punto que casi nadie explica. La obligación de facturar electrónicamente no exceptúa al sector salud: aplica según la figura tributaria de cada prestador.
Si trabajas por cuenta propia y facturas tus servicios, entras en la obligación cuando cumples las condiciones que la norma fija para las personas naturales (por ejemplo, superar los topes de ingresos o ser responsable de IVA). Muchos médicos independientes ya están obligados y otros lo estarán a medida que la DIAN amplía el universo. Si tienes dudas sobre tu caso, revisa cómo lo resuelve un software para médicos independientes y confírmalo con tu contador.
Un consultorio constituido como empresa o una IPS son personas jurídicas y, como tales, están obligados a expedir factura electrónica de venta por los servicios que prestan. La particularidad del sector no es si facturan o no (lo hacen), sino que su factura tiene que convivir con el reporte de RIPS y con la radicación ante la EPS.
Muchos servicios de salud están excluidos de IVA, y de ahí nace una confusión frecuente: creer que si no cobras IVA no tienes que facturar. No es así. Estar excluido de IVA es una cosa; la obligación de facturar es otra. En general, el prestador de salud debe expedir su factura electrónica aunque el servicio esté excluido de IVA. Cómo se refleja esa exclusión en el documento depende de tu situación, y eso sí conviene revisarlo con tu contador.
Para el prestador de salud, facturar electrónicamente es solo la mitad del trabajo. Hay dos mundos que hay que articular:
La FEV-RIPS es justamente el mecanismo que une esos dos mundos: asocia la factura electrónica de venta con los RIPS de esas atenciones, de modo que el cobro al asegurador quede soportado tanto en lo tributario como en lo asistencial. Si quieres el detalle de cómo funciona esa validación y el código que la respalda, míralo en FEV-RIPS / CUCON-SIIFA.
Conviene tener claro que este proceso tiene dos marcos normativos distintos, uno por cada mundo:
Es decir, cumplir "con la DIAN" no es suficiente para el prestador de salud: también hay que cumplir con el reporte de RIPS que exige el Ministerio para poder radicar. Como estas normas se actualizan, verifica siempre la versión vigente en las fuentes oficiales.
El punto práctico es este: una factura electrónica perfecta no te sirve para cobrarle a la EPS si no viaja acompañada de su RIPS validado. Por eso, en salud, la facturación electrónica y el RIPS no se pueden tratar como procesos separados.
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No cumplir con la obligación tiene dos tipos de consecuencia para el prestador de salud:
Para el prestador, esta doble cara es la razón de fondo para tomarse en serio el proceso: no es solo evitar una sanción, es proteger el flujo de caja de la operación.
Cumplir con la facturación electrónica en salud es más llevadero cuando la herramienta entiende el sector. Medifolios es un software especializado que integra la facturación electrónica del prestador con el RIPS y la radicación, para que ese cumplimiento sea más rápido y ordenado. En concreto, ayuda a tu equipo a:
No prometemos resolverlo todo por arte de magia; sí ordenar y agilizar el trabajo para que tu operación cumpla con menos fricción. Si quieres ver cómo se ve ese flujo completo, revisa la facturación médica paso a paso.
Depende de su situación tributaria. Un médico independiente que es responsable de IVA o que supera los topes de ingresos que fija la norma para las personas naturales está obligado a expedir factura electrónica de venta. Como la DIAN ha ido ampliando el universo de obligados, cada vez más médicos independientes entran. Lo más seguro es confirmar tu caso con tu contador o con la DIAN.
Por lo general, sí. Estar excluido de IVA no es lo mismo que estar exento de facturar. Son dos cosas distintas: el prestador de salud suele tener que expedir su factura electrónica aunque el servicio esté excluido de IVA. Cómo se refleja esa exclusión en el documento depende de tu caso y conviene revisarlo con tu contador.
No. La factura electrónica de venta es el documento tributario que valida la DIAN. El RIPS es el reporte de las atenciones que exige el sector salud. Son mundos distintos que en salud hay que articular: la FEV-RIPS es el mecanismo que asocia la factura con sus RIPS para poder radicar y cobrar a la EPS.
La facturación electrónica se ha implementado por etapas en Colombia y hoy cubre a la gran mayoría de los prestadores según su figura tributaria. No hay una fecha única para "salud" distinta del resto: cada prestador quedó obligado según su calendario y sus condiciones. Confirma la situación de tu caso en la página oficial de la DIAN.
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