Qué es el SIIFA: guía para prestadores de servicios de salud

El SIIFA es el Sistema Integral de Información Financiera y Asistencial del Ministerio de Salud y Protección Social: el canal oficial donde se registran los contratos, la radicación de facturas en salud, las devoluciones, las glosas, las respuestas y los pagos del sistema. Lo estructuró la Resolución 1962 de 2025 y opera por módulos, con entrada gradual.

Actualizado: septiembre de 2026. Escrito para el área de facturación y cuentas médicas del prestador, con base en el texto de la Resolución 1962 de 2025 (expedida el 23 de septiembre de 2025, Diario Oficial No. 53.274 del 15 de octubre de 2025). Guía informativa: no reemplaza la lectura de la norma ni de los manuales del Ministerio.

Qué es el SIIFA, en concreto

El nombre importa porque circula mal escrito: SIIFA es la sigla de Sistema Integral de Información Financiera y Asistencial. La Resolución 1962 de 2025 lo describe como "un mecanismo de trazabilidad de la información financiera para agilizar su transmisión y evaluación, acelerar el flujo de recursos y permitir la transparencia en las transacciones entre las entidades que sean agentes del sector salud", dispuesto por el Ministerio a través de un portal de registro electrónico y transaccional.

El artículo 2 define su alcance sin rodeos. El SIIFA constituye el canal oficial del registro de:

• Los contratos (acuerdos de voluntades) entre pagadores y prestadores.
• La radicación de facturas en salud.
• Las devoluciones y glosas que formule y comunique la entidad responsable de pago, otros pagadores o la ADRES.
• Las respuestas del prestador, del proveedor de servicios y tecnologías en salud o de los fabricantes, importadores y titulares de registro sanitario.
• La aceptación, el registro de los anticipos y los pagos que se realicen a cada factura electrónica de venta en salud.

Y una precisión del mismo artículo que evita la confusión más común: el SIIFA "operará como un canal paralelo a los que en la actualidad se utilizan para intercambiar información del sector salud". No llegó a reemplazar de un día para otro los portales de cada EPS ni el mecanismo de validación de RIPS: llegó a consolidar en un solo sitio la información que hoy vive dispersa.

Los cuatro módulos del SIIFA

El artículo 5 organiza el sistema en módulos, cada uno con su manual funcional y su manual técnico de interoperabilidad:

• Módulo de Registro de Contratación de Servicios y Tecnologías en Salud. Donde el pagador registra el contrato y el prestador lo acepta o lo rechaza. Es el módulo que asigna el CUCON.
• Módulo de Factura Electrónica de Venta en Salud y RIPS (FEV-RIPS). Interopera con el mecanismo único de validación adoptado por la Resolución 2275 de 2023, modificada por la Resolución 1884 de 2024.
• Módulo de Seguimiento a Facturas. Devoluciones, glosas, objeciones y sus respuestas.
• Módulo de Seguimiento a Pagos. Cuenta bancaria del contratista, detalle del giro, descuentos y retenciones.

Quién reporta y qué le toca a cada quién

El artículo 3 reparte responsabilidades entre cuatro tipos de agente. Vale la pena leerlo con atención, porque desmonta el malentendido de que "el prestador carga todo":

• Entidades responsables de pago y demás pagadores. Registran en el SIIFA la información de los acuerdos de voluntades suscritos, con implementación gradual que arranca por los datos básicos del contrato. También transmiten la información de radicación, auditoría y pagos asociada a las facturas electrónicas de venta del sector salud.
• Prestadores de servicios de salud (PSS) y proveedores de tecnologías en salud (PTS). Deben verificar y registrar la aceptación de la información de los acuerdos de voluntades que previamente registró el pagador. Y deben transmitir al SIIFA las respuestas a las devoluciones y glosas que les formule la entidad responsable de pago.
• ADRES. Transmite la información de radicación y auditoría, dispone la de los pagos a su cargo y, además, "deberá disponer la información de las transferencias realizadas bajo el mecanismo de giro directo".
• Superintendencia Nacional de Salud. Accede a la información registrada para ejercer sus funciones de inspección, vigilancia y control.

Cómo se entra al SIIFA

No hay credenciales nuevas ni un registro aparte. El artículo 7 lo ata a la autenticación existente del Ministerio: el acceso al SIIFA "estará sujeto al cumplimiento de los procedimientos de autenticación establecidos en el Sistema Integral de la Protección Social - SISPRO o en la plataforma que lo modifique, o sustituya". Si el SISPRO ya es tu puerta de entrada a otros trámites del Ministerio, es la misma. El parágrafo agrega que hay esquemas de autorización por roles de usuario, para que cada persona vea y registre según su perfil y competencias.

El detalle de la información a registrar no está en la resolución sino en los manuales publicados en el micrositio del SIIFA en la página del Ministerio, que se actualizan conforme avanza cada módulo. Es la fuente que hay que revisar antes de cada corte.

Plazos: los que de verdad afectan al prestador

El artículo 8 fija la periodicidad del reporte módulo por módulo. Estos son los términos que golpean directamente la operación del área de facturación:

• Contratos ya en ejecución: el pagador los registra dentro de los primeros 15 días hábiles del mes de inicio de operación que le corresponda según el cronograma.
• Aceptación del prestador: desde el registro del pagador, el prestador tiene 5 días hábiles para aceptar o rechazar la información registrada. El pagador debe informarle de ese registro.
• Contratos, modificaciones y liquidaciones nuevos: el pagador los registra dentro de los 5 días hábiles siguientes a su suscripción y firma. En un término igual, la parte contratada registra su aceptación o rechazo.
• Si el prestador rechaza: el contratante tiene 5 días hábiles desde el registro del rechazo para hacer los ajustes. Si el rechazo se reitera, la parte inconforme debe poner el caso en conocimiento de la Superintendencia Nacional de Salud.
• Número único de radicación: el pagador debe informarlo al prestador y registrarlo en el SIIFA, en ningún caso después de 48 horas hábiles siguientes a la comunicación al facturador.
• Devoluciones y glosas: se registran en los términos del artículo 6 de la Resolución 2284 de 2023 y del artículo 57 de la Ley 1438 de 2011, y el registro en SIIFA no puede ser posterior a 48 horas hábiles siguientes a la comunicación a la otra parte.
• Pagos: el contratista registra la cuenta bancaria de destino; el pagador registra el detalle del giro, con descuentos y retenciones, el mismo día del giro o a más tardar dentro de los 5 días hábiles siguientes.

El CUCON nace aquí

El numeral 8.1.3 de la resolución es el que conecta el SIIFA con la facturación diaria: "El registro del contrato en el SIIFA se formaliza con la asignación desde esta plataforma del Código Único de Contrato (CUCON), que deberá ser informado obligatoriamente en la factura electrónica de venta para su validación en el Mecanismo Único de Validación FEV_RIPS".

Esa es la cadena completa: contrato registrado en SIIFA, contrato aceptado, CUCON asignado, CUCON informado en la factura, factura validada, cuenta radicable. Si el eslabón del contrato no está, la factura no valida. Las reglas de validación de ese archivo son las de la Resolución 948 de 2026. El detalle conceptual del código está en qué es el CUCON y el trámite operativo en cómo obtenerlo.

Cómo se conecta con el giro directo

El módulo de seguimiento a pagos es el que le interesa al área de cartera. La resolución le exige a la ADRES disponer en el SIIFA, mediante mecanismos de interoperabilidad, la información de los pagos o giros directos realizados, indicando la factura electrónica a la que se vinculan y la cuenta bancaria destinataria, a más tardar dentro de los cinco días hábiles siguientes.

Ese detalle cambia la naturaleza del dato: hasta ahora el giro directo de la ADRES se consultaba como cifra agregada por prestador y período. Amarrado a la factura, se vuelve conciliable contra la cartera, uno a uno.

El cronograma: fases, grupos y fechas

El artículo 9 define una implementación gradual y progresiva, en dos fases, cada una con una etapa de sensibilización y pruebas y una etapa de inicio de operación (que es cuando el reporte se vuelve obligatorio y exigible). Los pagadores se dividen en dos grupos, y al prestador le aplica el cronograma del grupo al que pertenezca su pagador, o en ausencia de contrato, el del pagador objeto de cobro.

Grupo 1: EPS Sura, Salud Total EPS S.A., Compensar EPS, Comfenalco Valle, Aliansalud EPS, Salud Mía, Mutual Ser, Capital Salud EPS, Mallamas EPSI, EPS Familiar de Colombia, Asociación Indígena del Cauca EPSI, Anas Wayuu EPSI, Comfaoriente, Comfachocó, Pijaos Salud EPSI y EPS Sanitas.

Grupo 2: Nueva EPS, Coosalud, Famisanar, Emssanar E.S.S., Savia Salud EPS, Asmetsalud, Servicio Occidental de Salud (EPS SOS), Dusakawí EPSI, Capresoca, Cajacopi, Fondo de Pasivo Social de Ferrocarriles Nacionales de Colombia, Empresas Públicas de Medellín, entidades territoriales, administradoras de riesgos laborales, régimen de excepción y especial, Fondo Nacional de Personas Privadas de la Libertad, aseguradoras autorizadas para operar el SOAT, ADRES y planes voluntarios de salud. La resolución añade que una nueva entidad responsable de pago que se autorice se integra al Grupo 2.

Qué debería estar haciendo tu IPS hoy

1. Identificar el grupo de cada pagador. El calendario que te aplica no es uno solo: depende de con quién tengas el contrato.
2. Dejar habilitado el acceso vía SISPRO y asignar los roles, para que la aceptación del contrato no dependa de una sola persona.
3. Revisar los contratos antes de aceptarlos. Lo que se acepta es la fuente contra la que se validarán las facturas: valor, vigencia, modalidad y régimen tienen que coincidir con lo firmado.
4. Vigilar los otrosíes. Las modificaciones y liquidaciones también se registran, con sus propios cinco días hábiles.
5. Revisar los manuales del micrositio antes de cada inicio de operación, porque el detalle de lo que se reporta vive ahí y se actualiza por módulo.

Cómo queda en Medifolios

El SIIFA es una plataforma del Ministerio: el registro y la aceptación de contratos ocurren allí, con las credenciales de SISPRO del prestador. Lo que hace Medifolios es el lado propio de la IPS, para que lo que se reporta salga consistente.

El módulo de RIPS genera los archivos para el mecanismo único de validación FEV-RIPS; el módulo de facturación electrónica emite la factura de venta en salud con el código de contrato asociado al convenio; y el módulo de gestión de glosas deja registrada la respuesta a devoluciones y glosas con su causal, su valor y su factura, que es exactamente la información que el SIIFA pide transmitir. El software ayuda a cumplir los términos, pero el registro ante el Ministerio y la decisión de aceptar o rechazar un contrato siguen siendo del prestador. Si quieres validar cómo te está saliendo hoy un archivo, el validador de RIPS es gratuito.

Preguntas frecuentes

¿Qué es el SIIFA?

El SIIFA es el Sistema Integral de Información Financiera y Asistencial del Ministerio de Salud y Protección Social, estructurado por la Resolución 1962 de 2025. Es el canal oficial donde se registran los contratos entre pagadores y prestadores, la radicación de facturas en salud, las devoluciones, las glosas, las respuestas del prestador, la aceptación y el registro de anticipos y pagos de cada factura electrónica de venta en salud. Opera como un portal de registro electrónico y transaccional, paralelo a los canales que ya se usan en el sector.

¿Quién debe reportar información en el SIIFA?

Cuatro tipos de agente, con roles distintos. Las entidades responsables de pago y demás pagadores registran los acuerdos de voluntades y transmiten radicación, auditoría y pagos. Los prestadores de servicios de salud y los proveedores de tecnologías en salud verifican y registran la aceptación de los contratos que cargó el pagador, y transmiten las respuestas a devoluciones y glosas. La ADRES transmite radicación, auditoría y pagos a su cargo, y dispone la información de las transferencias hechas por giro directo. La Superintendencia Nacional de Salud accede a la información para inspección, vigilancia y control.

¿Qué plazo tiene el prestador para aceptar un contrato en el SIIFA?

Cinco días hábiles contados desde el registro que hace la entidad responsable de pago, que debe informarle al prestador de ese registro. En ese término se acepta o se rechaza la información registrada. Si el prestador rechaza, la entidad contratante tiene cinco días hábiles desde el registro del rechazo para hacer los ajustes; si el rechazo se reitera, la parte inconforme debe poner la situación en conocimiento de la Superintendencia Nacional de Salud.

¿Cómo se ingresa al SIIFA?

Con la autenticación del SISPRO. El artículo 7 de la Resolución 1962 de 2025 sujeta el acceso al SIIFA a los procedimientos de autenticación establecidos en el Sistema Integral de la Protección Social o en la plataforma que lo modifique o sustituya, con los protocolos de seguridad informática del Ministerio. Hay esquemas de autorización por roles de usuario, de modo que cada perfil accede, consulta y registra según sus competencias y responsabilidades.

¿Qué relación tienen el SIIFA y el CUCON?

El CUCON se genera en el SIIFA. El numeral 8.1.3 de la Resolución 1962 de 2025 establece que el registro del contrato en el SIIFA se formaliza con la asignación desde esa plataforma del Código Único de Contrato, que debe informarse obligatoriamente en la factura electrónica de venta para su validación en el Mecanismo Único de Validación FEV-RIPS. Sin contrato registrado y aceptado no hay CUCON, y sin CUCON la factura no supera la validación.

¿Desde cuándo es obligatorio reportar en el SIIFA?

Depende del módulo y del grupo al que pertenezca la entidad responsable de pago con la que se tiene el contrato. La Resolución 1962 de 2025 estructura la implementación en dos fases con etapas de sensibilización y pruebas seguidas de inicio de operación. Para el Grupo 1, la operación de la Fase I arrancó entre diciembre de 2025 y abril de 2026 según el módulo; para el Grupo 2, entre mayo y agosto de 2026. La Fase II de estabilización, común a los dos grupos, va de octubre a diciembre de 2026, con el módulo de seguimiento a pagos iniciando operación el 1 de diciembre de 2026.