Actualización del 11 de septiembre de 2026: la Resolución 3100 de 2019 sigue vigente.
El 8 de septiembre de 2026 el Ministerio de Salud y Protección Social expidió la Resolución 002080 de 2026, "Por la cual se revoca la Resolución 1732 de 2026". La Resolución 1732, expedida el 5 de agosto de 2026, era la que establecía el nuevo procedimiento de inscripción de prestadores y las condiciones de habilitación, y adoptaba los Tomos I y II del Manual de Inscripción de Prestadores y Habilitación de Servicios de Salud.
La 1732 nunca fue publicada en el Diario Oficial, y el artículo 65 de la Ley 1437 de 2011 dispone que los actos administrativos de carácter general no son obligatorios mientras no se publiquen. Existió como acto expedido, pero no llegó a obligar a sus destinatarios. Con la revocatoria salió del ordenamiento.
En consecuencia, lo que se aplica hoy para inscribir prestadores y habilitar servicios sigue siendo la Resolución 3100 de 2019 con sus normas modificatorias. Consultar la Resolución 2080 en el sitio del Ministerio.
La Resolución 3100 de 2019 es la norma que define cómo se habilitan los servicios de salud en Colombia. Si diriges o coordinas una IPS, es la hoja de ruta que tienes que dominar: establece el Sistema Único de Habilitación, los estándares que debe cumplir cada servicio y el procedimiento para inscribirse en el REPS. Dicho de forma directa: sin habilitación no se puede prestar el servicio, y sin entender esta norma es difícil llegar tranquilo a una verificación de la secretaría de salud.
En internet abunda el PDF de la norma en bruto y los cursos que la explican por partes, pero muy pocos la traducen a la tarea real del gerente: qué reviso, en qué orden y qué me van a pedir en cada estándar. Esta guía busca justamente eso. Verás qué es la resolucion 3100 de 2019, a quién aplica, cuáles son los grupos de estándares de habilitación explicados uno a uno, cómo funcionan la autoevaluación y la verificación, cómo se conecta con el REPS y la facturación, y en qué puntos un software apoya la gestión (sin prometer que "te habilita", porque eso no lo hace ningún software).
Actualizado: 11 de septiembre de 2026. La Resolución 3100 de 2019 se encuentra vigente. La normativa de habilitación puede recibir ajustes o modificaciones posteriores, así que conviene confirmar siempre la versión vigente en la fuente oficial (enlaces al final del artículo).
Vigente en 2026. La Resolución 3100 de 2019 sigue siendo la norma de habilitación de servicios de salud en Colombia (derogó la Resolución 2003 de 2014). Puedes consultar el texto oficial y su anexo técnico en el Ministerio de Salud.
La Resolución 3100 de 2019 fue expedida por el Ministerio de Salud y Protección Social el 25 de noviembre de 2019. Con ella, el Ministerio derogó la Resolución 2003 de 2014 y unificó las reglas del Sistema Único de Habilitación: los procedimientos y condiciones para inscribir a los prestadores en el Registro Especial de Prestadores de Servicios de Salud (REPS) y para habilitar los servicios que ofrecen.
En términos prácticos, la norma responde a dos preguntas: cómo se registra un prestador ante la autoridad de salud, y qué condiciones mínimas debe cumplir cada servicio para operar con el menor riesgo posible para el paciente. Esas condiciones mínimas son los estándares de habilitación, y son el corazón de la resolución 3100 de 2019.
La Resolución 1732 de 2026 fue expedida el 5 de agosto de 2026. Establecía el procedimiento para la inscripción de los prestadores de servicios de salud y las condiciones para la habilitación de los servicios, y adoptaba los Tomos I y II de un nuevo Manual de Inscripción de Prestadores y Habilitación de Servicios de Salud. Su propio artículo 35 disponía que el acto surtía efectos a partir de su publicación en el Diario Oficial. Según la Resolución 2080, mediante oficio del 3 de septiembre de 2026 la Imprenta Nacional de Colombia certificó que esa publicación no ocurrió.
La revocatoria se fundamenta en el artículo 93 de la Ley 1437 de 2011, y el acto enumera tres contradicciones de la 1732 con normas de superior jerarquía:
La Resolución 2080 precisa que la revocatoria fue integral y no parcial, porque los aspectos señalados no recaían sobre disposiciones aisladas sino sobre elementos estructurales del régimen adoptado. Y deja explícito el efecto: continúan siendo aplicables, sin solución de continuidad, la Resolución 3100 de 2019, la Resolución 77 de 2007 y las Resoluciones 2215 de 2020, 1317 de 2021, 1138 de 2022, 1410 de 2022, 1719 de 2022, 544 de 2023, 648 de 2023 y 465 de 2025, junto con las demás disposiciones que las modifiquen o adicionen.
Es la pregunta práctica de cualquier gerente o coordinador de calidad que alcanzó a mover recursos entre agosto y septiembre de 2026. La respuesta corta: lo que se exige hoy sigue siendo lo de la Resolución 3100 de 2019 y sus modificatorias. Si tu IPS empezó a revisar sus servicios contra el manual que adoptaba la 1732, el marco de referencia para la inscripción en el REPS y para la habilitación vuelve a ser el de la 3100, y es contra ese marco que la secretaría de salud verifica.
El trabajo adelantado, sin embargo, no se pierde. Un diagnóstico de brechas por servicio, las hojas de vida de equipos al día, los protocolos escritos y en uso, las historias clínicas completas y trazables: todo eso apunta a los mismos estándares de calidad que la 3100 organiza en sus siete grupos. Lo que cambió es el documento de referencia, no el fondo de lo que se revisa el día de la visita. Ese esfuerzo se puede reordenar contra el checklist de habilitación de la 3100 sin empezar de cero.
Quien ya hubiera programado adecuaciones (una obra de infraestructura, la compra de dotación, la contratación de talento humano) puede seguir adelante con ellas si tienen sentido para su operación y su nivel de riesgo. Lo que conviene tener claro es el criterio con el que se va a medir: la exigencia de habilitación se comprueba contra la 3100 y sus normas modificatorias, no contra un cronograma propio de adecuación progresiva. La misma Resolución 2080 señala que la corrección de las incompatibilidades advertidas deberá realizarse mediante un nuevo proceso de actualización de las condiciones de inscripción y habilitación, con su soporte técnico y la participación de las entidades territoriales, las agremiaciones y las sociedades científicas.
La recomendación práctica es sencilla y sirve más allá de este episodio: antes de comprometer inversión en una adecuación, verificar el estado de la norma directamente en el sitio del Ministerio de Salud, y no en resúmenes de terceros que pueden quedar desactualizados de un día para otro. Este artículo describe lo que dicen las normas citadas y remite a su texto oficial; no sustituye la asesoría jurídica de tu institución.
La norma aplica a todos los prestadores de servicios de salud del país, con independencia de su tamaño o naturaleza jurídica:
Si estás en el proceso de crear una IPS en Colombia o de montar un consultorio médico, la habilitación bajo la 3100 es uno de los pasos que no puedes saltarte: es lo que te autoriza a prestar cada servicio que declares.
El componente central de la resolución 3100 de 2019 son los estándares de habilitación, organizados en siete grupos. Cada servicio que habilitas debe cumplir los estándares que le apliquen. Esta es la lectura operativa de cada grupo:
| Grupo de estándar | Qué evalúa (en términos operativos) |
|---|---|
| 1. Talento humano | Que el personal tenga las autorizaciones para ejercer, en la cantidad adecuada a la capacidad y la demanda del servicio. |
| 2. Infraestructura | Condiciones mínimas de las áreas y ambientes de la edificación y su mantenimiento, según el servicio. |
| 3. Dotación | Equipos e insumos necesarios para el servicio, con su mantenimiento y hojas de vida al día. |
| 4. Medicamentos, dispositivos médicos e insumos | Gestión, almacenamiento y control de medicamentos y dispositivos, con trazabilidad y condiciones adecuadas. |
| 5. Procesos prioritarios | Protocolos, guías y procesos clave (seguridad del paciente, salud pública, documentación) que el servicio debe tener definidos y en uso. |
| 6. Historia clínica y registros | Que exista historia clínica por paciente, completa y con los registros que la norma exige, disponibles cuando se soliciten. |
| 7. Interdependencia | Que el servicio cuente con los otros servicios de apoyo de los que depende para operar con seguridad. |
Conviene tener presente que los criterios detallados de cada estándar están en el anexo técnico de la norma y varían según el servicio que se habilite. La tabla anterior es la lectura de alto nivel para orientarte; el detalle exacto siempre debe consultarse en el texto oficial vigente.
La autoevaluación de habilitación no es el único ejercicio de calidad que se le pide a un prestador: el PAMEC toma esos hallazgos y los convierte en una ruta de mejoramiento con procesos priorizados y seguimiento.
La habilitación no es un trámite que "aprueba" un tercero de entrada: parte de la responsabilidad del propio prestador. El flujo general es este:
La inscripción en el REPS tiene una vigencia y debe mantenerse actualizada: cualquier cambio (un servicio nuevo, un cierre, un traslado) se reporta como novedad. La habilitación se conserva mientras el prestador mantenga las condiciones y así lo constate la autoridad. Por eso la habilitación no es un "una sola vez", sino algo que se sostiene en el día a día.
El registro de todo esto queda en el REPS, y el identificador de cada prestador es su código de habilitación en el REPS. Ese código, y el hecho de tener el servicio habilitado, no son un dato aislado: son la base para facturar bien. Un servicio que se factura debe estar habilitado, y ese vínculo aparece cuando generas los RIPS y la factura electrónica en salud.
En esa misma línea, los procesos prioritarios de la 3100 se cruzan con otras normas del clúster de calidad y atención, como las RIAS (Resolución 3280). Y varias de las condiciones que se verifican en la habilitación se convierten después en insumo del reporte de calidad al Ministerio: la Resolución 256 de 2016 define el Sistema de Información para la Calidad y los indicadores que las IPS reportan. Ver la habilitación como parte de un sistema, y no como un requisito suelto, es lo que distingue a una IPS que opera con orden de una que corre detrás de los hallazgos.
El trámite mismo del registro, paso a paso, está en la guía de habilitación enlazada al inicio de este artículo, que complementa este pilar normativo. Y si tu institución está evaluando ir un paso más allá de los mínimos obligatorios, la ruta voluntaria es la acreditación en salud, que reconoce niveles superiores de calidad y se apoya en el ciclo interno del PAMEC.
Aquí conviene ser claro desde el principio: ningún software te habilita ni cumple la 3100 por ti. La habilitación la otorga la secretaría de salud tras la autoevaluación y la verificación. Lo que sí hace un buen software es apoyar la gestión de varios estándares, manteniendo organizados los soportes y la documentación que la verificación revisa. Medifolios ayuda en varios de esos frentes:
| Grupo de estándar 3100 | Módulo de Medifolios (apoyo a la gestión) |
|---|---|
| Historia clínica y registros | Software de historia clínica electrónica, auditoría de historia clínica con IA y generación de RIPS. |
| Procesos prioritarios: seguridad del paciente | Gestión de eventos adversos y seguridad del paciente. |
| Procesos prioritarios: documentos y protocolos | Documentos y protocolos en la nube y actas. |
| Procesos prioritarios: salud pública | Registro de eventos de interés en salud pública. |
| Dotación | Hojas de vida de equipos y su mantenimiento. |
Este mapeo es de apoyo a la gestión y la documentación de cada estándar; no es una certificación de cumplimiento. Un módulo ayuda a organizar y soportar el estándar, no lo "cumple" por sí solo: el cumplimiento lo evalúa la autoridad de salud.
El estándar de historia clínica y registros exige historias completas y correctas, y es uno de los puntos que más se revisan en la verificación. Aquí Medifolios aporta un ángulo que la norma en bruto no resuelve y que la competencia del sector no ofrece: la auditoría de historia clínica con inteligencia artificial. La IA señala posibles registros incompletos o inconsistencias en las historias, y el auditor o el profesional revisa y decide qué corregir. Así el equipo llega mejor preparado a la verificación de la secretaría de salud, con las historias revisadas de antemano.
El encuadre es honesto y es la regla de la casa: la IA asiste y el profesional aprueba. La herramienta ayuda a revisar y a señalar puntos de atención; no reemplaza el criterio del auditor, no "audita sola" ni deja las historias perfectas por su cuenta. Su valor es que el equipo revise más y mejor, no que deje de revisar.
La habilitación exige historias clínicas completas y soportes organizados. Medifolios centraliza la historia clínica, los eventos adversos, los documentos y las hojas de vida de equipos, y su auditoría de historia clínica con IA ayuda a revisar los registros antes de la verificación. La IA asiste y el profesional aprueba. La habilitación la otorga la secretaría de salud, no el software.
📱 Solicita tu demo gratis →Sí. La Resolución 3100 de 2019 se encuentra vigente y es la norma que rige el Sistema Único de Habilitación de servicios de salud en Colombia. La Resolución 1732 de 2026, que iba a reemplazar el manual de inscripción y habilitación, fue revocada por la Resolución 2080 del 8 de septiembre de 2026 sin haber llegado a publicarse en el Diario Oficial, de modo que nunca adquirió fuerza obligatoria. La 3100 tampoco ha sido derogada: fue ella la que reemplazó a la anterior Resolución 2003 de 2014. Sí ha tenido modificaciones posteriores que ajustaron algunos artículos sin derogarla (entre ellas la Resolución 544 de 2023 y la Resolución 465 de 2025), por lo que conviene verificar la versión vigente en la fuente oficial.
Fue revocada en su integridad por la Resolución 2080 del 8 de septiembre de 2026 del Ministerio de Salud y Protección Social. La 1732, expedida el 5 de agosto de 2026, adoptaba un nuevo Manual de Inscripción de Prestadores y Habilitación de Servicios de Salud, pero no fue publicada en el Diario Oficial y, conforme al artículo 65 de la Ley 1437 de 2011, no adquirió fuerza obligatoria frente a sus destinatarios. La Resolución 2080 invoca además contradicciones con normas de superior jerarquía en tres puntos: los conceptos vinculantes del Ministerio, el Plan de Adecuación Progresiva y el alcance de la verificación frente a las competencias de departamentos y distritos.
La Resolución 3100 de 2019 derogó la Resolución 2003 de 2014, que era la norma anterior de habilitación. Con la 3100, el Ministerio de Salud unificó y actualizó los procedimientos de inscripción en el REPS y los estándares de habilitación de servicios de salud.
Son siete: talento humano, infraestructura, dotación, medicamentos y dispositivos médicos e insumos, procesos prioritarios, historia clínica y registros, e interdependencia. Cada servicio que se habilita debe cumplir los estándares que le apliquen, con el detalle definido en el anexo técnico de la norma.
El documento oficial está publicado por el Ministerio de Salud y Protección Social. Es preferible descargarlo de la fuente oficial y no de copias sueltas de terceros, que pueden estar desactualizadas o no incluir los ajustes posteriores.
La inscripción en el REPS tiene una vigencia y debe mantenerse actualizada mediante el reporte de novedades. La habilitación de un servicio se conserva mientras el prestador mantenga las condiciones de los estándares y así lo verifique la autoridad de salud. No es un trámite de una sola vez: exige gestión continua de los soportes y la documentación.
La Resolución 3100 de 2019 es la hoja de ruta de la habilitación de servicios de salud en Colombia: define quién debe habilitarse, los siete grupos de estándares que hay que cumplir y cómo funcionan la autoevaluación y la verificación. Entenderla bien es lo que le permite a una IPS operar con orden y llegar preparada a la verificación de la secretaría de salud, en lugar de reaccionar a los hallazgos. Y aunque ningún software habilita por ti, tener la historia clínica electrónica, los soportes y los procesos organizados hace toda la diferencia el día de la verificación. Así apoya Medifolios varios de esos estándares. Demo gratis, sin compromiso.
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