Si eres médico o emprendedor y quieres montar tu propia IPS, esta guía te muestra cómo crear una IPS en Colombia de principio a fin: no solo la parte legal de constituir la empresa, sino también la habilitación real ante la Secretaría de Salud y, sobre todo, cómo dejar la operación clínica lista para atender y facturar desde el primer paciente.
La mayoría de las guías que encontrarás se detienen en la constitución de la SAS y la Cámara de Comercio. Aquí vamos más allá: constituir la empresa, preparar los estándares de habilitación de la Resolución 3100 de 2019, inscribirse en el REPS y montar la historia clínica, los RIPS y la facturación electrónica. Esta es la ruta completa, en lenguaje claro, para que abras tu IPS sin sorpresas y operando en regla.
Actualizado: julio de 2026. Ruta revisada con el marco vigente de inscripción y habilitación (Resolución 3100 de 2019).
Antes de montar una, conviene tener claro qué es exactamente una IPS y cuál es su papel dentro del sistema de salud colombiano.
Una IPS (Institución Prestadora de Servicios de Salud) es la entidad que efectivamente presta los servicios de salud a las personas: consultas, procedimientos, hospitalización, laboratorio, imágenes, urgencias y demás. Puede ser un gran hospital, una clínica, un centro médico o un consultorio, y para operar debe estar habilitada e inscrita en el Registro Especial de Prestadores de Servicios de Salud (REPS). En pocas palabras, la IPS es quien pone las manos sobre el paciente.
La confusión más común es entre IPS y EPS, y la diferencia es sencilla cuando se mira su función:
Dicho de forma simple: la EPS asegura y la IPS presta. Tu proyecto, si vas a atender pacientes, es una IPS.
Las IPS se pueden clasificar de varias formas. Por su naturaleza jurídica hay IPS privadas, públicas (las empresas sociales del Estado) y mixtas. Por su nivel de complejidad se habla de servicios de baja, mediana y alta complejidad, según la tecnología y el talento humano que requieren. Y por el tipo de prestador, la normativa distingue entre instituciones, profesionales independientes, entidades con objeto social diferente que prestan servicios de salud y el transporte especial de pacientes. Definir en cuál de estas categorías encaja tu proyecto es el primer paso para saber qué servicios vas a habilitar.
El primer paso para crear una IPS es darle forma legal a tu proyecto. Lo habitual es constituir una persona jurídica, siendo la SAS (Sociedad por Acciones Simplificada) la figura más usada por su flexibilidad, aunque existen otras. Puntos clave de este paso:
Ten en cuenta que las tarifas de la Cámara de Comercio, el capital y los costos de constitución varían y se actualizan cada año, así que conviene consultar la tarifa vigente antes de presupuestar. Esta es la parte que cubren la mayoría de las firmas de constitución de empresas; pero para una IPS es apenas el comienzo, porque todavía falta lo específico del sector salud.
Constituir la empresa no te autoriza a atender pacientes. Para eso necesitas habilitar tus servicios, y ese proceso se rige por la Resolución 3100 de 2019 del Ministerio de Salud y Protección Social, que reemplazó a la Resolución 2003 de 2014 y adoptó el Manual de Inscripción de Prestadores y Habilitación de Servicios de Salud.
La norma exige demostrar el cumplimiento de siete estándares en cada servicio que vayas a ofrecer:
En la práctica, esto significa adecuar la planta física (áreas, señalización, condiciones locativas), organizar la gestión de residuos, definir los procesos de seguridad del paciente y preparar los registros clínicos. Antes de inscribirte debes realizar una autoevaluación de estos estándares para verificar que cada servicio cumple lo exigido. Si quieres el detalle a fondo de este proceso, revisa nuestra guía de habilitación de servicios de salud, que desarrolla estándar por estándar.
Con la autoevaluación lista, el siguiente paso es la inscripción ante la Secretaría de Salud territorial (departamental o distrital) y la declaración de los servicios que vas a prestar. Al quedar inscrito y declarado, el prestador recibe su código de habilitación y su distintivo, y sus servicios aparecen registrados en el REPS.
Ese código de habilitación en el REPS es un dato que vas a usar todos los días: identifica a tu IPS en los reportes, en los RIPS y en la factura electrónica en salud. Vale la pena subrayar algo que muchos desconocen: los trámites de inscripción, reporte de novedades y verificación ante la Secretaría de Salud son gratuitos. Después de la inscripción, la entidad territorial puede realizar visitas de verificación para constatar el cumplimiento de los estándares declarados.
Una IPS solo puede prestar servicios con profesionales debidamente habilitados. Cada médico, enfermero o profesional de la salud debe contar con su tarjeta profesional vigente y estar registrado en el ReTHUS (Registro Único Nacional del Talento Humano en Salud). Al preparar la habilitación, conviene tener a la mano los soportes del personal (títulos, tarjetas profesionales, verificación en el ReTHUS) porque forman parte del estándar de talento humano y se revisan en la verificación.
Aquí está el paso que casi nadie te explica y que marca la diferencia entre una IPS que arranca en orden y una que improvisa. Tener la empresa constituida y los servicios habilitados no sirve de mucho si el día que abres no puedes registrar la atención ni facturarla. La operación clínica tiene que estar montada desde el primer paciente:
Un punto importante de encuadre: el software apoya la operación y varios de los registros que exige la habilitación, pero no te habilita por ti. La habilitación la logra y la sostiene la IPS con su talento humano, su infraestructura y sus procesos; la tecnología es la herramienta que te ayuda a dejar evidencia y a operar en regla.
Es la pregunta inevitable, y la respuesta honesta es que depende. Tanto el costo como el tiempo varían según factores como el número y la complejidad de los servicios que vas a habilitar, el tamaño y la adecuación de la planta física, la ciudad y el tipo de sociedad que constituyas. No es lo mismo abrir un consultorio de consulta externa de baja complejidad que una clínica con varios servicios de mediana o alta complejidad.
Por eso conviene evitar las cifras cerradas que circulan en internet y, en su lugar, presupuestar sobre datos vigentes: consulta la tarifa actual de la Cámara de Comercio, cotiza la adecuación de tu planta física según los servicios que quieras habilitar y verifica los requisitos específicos con tu Secretaría de Salud territorial. Lo que sí puedes controlar desde el inicio es no dejar la operación para el final: preparar la habilitación y el montaje en paralelo acorta los tiempos y evita reprocesos.
Estos son los tropiezos que más retrasan o encarecen la apertura de una IPS:
Montar una IPS es un proyecto grande, y la parte operativa no tiene por qué ser la más difícil. Medifolios reúne la historia clínica electrónica, los RIPS y la facturación en una sola plataforma, de modo que tu IPS nueva pueda atender y facturar en regla desde el primer día. Los datos del prestador y el código de habilitación se configuran una sola vez y se aplican solos en cada RIPS y en cada factura, lo que reduce la digitación manual y los errores de transcripción.
El encuadre es claro y honesto: Medifolios apoya tu operación y varios de los registros que exige la habilitación, pero la habilitación la cumples tú. Lo que ganas es arrancar con la operación resuelta en lugar de improvisarla mientras ya estás atendiendo pacientes.
Empieza con la historia clínica, los RIPS y la facturación en una sola plataforma, lista desde tu primer paciente. Más de 900 IPS ya trabajan sobre Medifolios, con 13 años de trayectoria y más de 25 millones de historias clínicas gestionadas.
📱 Solicita tu demo gratis →En términos generales se necesita constituir una persona jurídica (habitualmente una SAS) con objeto social de prestación de servicios de salud, obtener la matrícula mercantil y el RUT/NIT, adecuar la planta física y preparar los estándares de habilitación de la Resolución 3100 de 2019, inscribirse y habilitar los servicios en el REPS ante la Secretaría de Salud, y contar con talento humano registrado en el ReTHUS. Por último, montar la operación clínica (historia clínica, RIPS y facturación) para atender y cobrar desde el primer paciente.
La EPS (Entidad Promotora de Salud) administra el aseguramiento: afilia a las personas, gestiona los recursos y organiza la red de atención. La IPS (Institución Prestadora de Servicios de Salud) es la que presta la atención al paciente y luego le factura los servicios a la EPS. En resumen, la EPS asegura y la IPS atiende.
Es el proceso por el cual una IPS se inscribe como prestador y declara que sus servicios cumplen las condiciones mínimas exigidas por la Resolución 3100 de 2019. Al inscribirse ante la Secretaría de Salud territorial, el prestador queda registrado en el REPS y recibe su código de habilitación. Los trámites de inscripción, novedades y verificación son gratuitos.
La normativa distingue entre las instituciones prestadoras y los profesionales independientes. Un profesional de la salud puede inscribirse y habilitarse como prestador independiente para ofrecer sus servicios, mientras que una IPS como institución suele constituirse como persona jurídica. La figura adecuada depende del tipo de servicios y de la escala del proyecto; conviene verificarlo con la Secretaría de Salud.
Una IPS nueva necesita, como mínimo, una historia clínica electrónica que ayude a cumplir el contenido y la custodia del registro, la generación de RIPS y la facturación electrónica en salud para cobrarle a las EPS, además de agenda y admisiones. Tenerlo todo en una sola plataforma facilita operar en regla desde el primer paciente y apoya varios de los registros que exige la habilitación.
Crear una IPS en Colombia es una ruta de tres grandes momentos: constituir la empresa, habilitar los servicios ante la Secretaría de Salud e inscribirlos en el REPS, y montar la operación para atender y facturar desde el primer paciente. La mayoría de las guías se quedan en el primer paso; el éxito real está en llegar al tercero con todo en orden. Si quieres arrancar con la operación resuelta, mira cómo Medifolios integra la generación de RIPS, la historia clínica y la facturación en una sola plataforma pensada para IPS y consultorios en Colombia.
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