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En corto: el PAI es el programa de vacunación del país, lo dirige el Ministerio de Salud y Protección Social y sus vacunas son gratuitas. El esquema se organiza por curso de vida y se actualiza por lineamiento del Ministerio, por eso aquí se enlaza la fuente oficial vigente en lugar de copiarla. Y para la IPS vacunadora hay dos obligaciones que van juntas: aplicar la dosis y registrarla de forma nominal en el sistema del Ministerio, además de entregar el carné.
En una IPS que vacuna, el PAI se vive en tres sitios al mismo tiempo: la nevera, el carné del paciente y el sistema de información. Esta guía recorre los tres desde el lado del prestador, con las fuentes oficiales a la mano, y deja claro qué parte le corresponde al sistema del Ministerio y qué parte vive en la historia clínica.
El Programa Ampliado de Inmunizaciones (PAI) es el programa con el que Colombia vacuna a su población contra enfermedades prevenibles por vacunación. Lo dirige el Ministerio de Salud y Protección Social, a través de la Dirección de Promoción y Prevención y su Grupo de Gestión Integrada de Enfermedades Inmunoprevenibles, que cada año publica los Lineamientos para la gestión y administración del PAI. La versión vigente es la de 2026.
El marco legal más reciente es la Ley 2406 de 2024, que ordena la modernización y la actualización permanente del PAI y fija dos principios que conviene tener presentes en la ventanilla: la universalidad, porque la aplicación de las vacunas es un derecho de todas las personas residentes en Colombia, y la gratuidad de las vacunas incluidas en el programa.
El lineamiento organiza el programa en módulos: normativo, sistemas de información, cadena de frío, movilización y comunicaciones, vigilancia en salud pública, talento humano, sensibilización, organización y coordinación, planificación y programación, vacunación segura, gestión de insumos y evaluación. Para el día a día del prestador, dos de ellos concentran casi todo el trabajo administrativo: cadena de frío y sistemas de información.
El esquema nacional de vacunación se organiza por curso de vida: recién nacidos, niñas y niños, adolescentes, personas adultas, personas mayores y gestantes, con grupos por riesgo cuando el lineamiento lo define. Cada biológico tiene su edad de inicio, su número de dosis y sus refuerzos.
Esta guía no transcribe edades ni dosis, y es una decisión deliberada: el esquema se ajusta por lineamiento del Ministerio y una tabla copiada envejece sin avisar. La fuente para consultar y para imprimir en el punto de vacunación es siempre la oficial:
La recomendación operativa es sencilla: fije en el punto de vacunación el afiche vigente, con el año visible, y revise los lineamientos cuando el Ministerio publique la versión del año siguiente.
El módulo de sistemas de información del lineamiento define el sistema del PAI como "el sistema de información única y obligatoria que reúne toda la información relacionada con el PAI", y precisa que esa información se recoge y se reporta a través del Sistema de Información Nominal PAIWEB y los demás mecanismos que defina el Ministerio, en el marco de la Ley 2406 de 2024.
Nominal quiere decir persona por persona: no se reporta un total de dosis, se registra quién recibió qué. De las actividades de estricto cumplimiento que el lineamiento le asigna a las IPS, estas son las que más pesan en la operación:
Hay además un módulo de cohortes en PAIWEB, donde se registra el seguimiento a la población susceptible con el fin de iniciar o completar esquemas de vacunación. Es la herramienta pensada para los esquemas incompletos, que es donde se pierde buena parte de la cobertura.
El carné es el documento que la persona se lleva, y el lineamiento lo trata como una obligación del sistema, no como un favor: las entidades deben asegurar el suministro del carné de vacunación infantil, de adulto y del certificado internacional de vacunación de manera gratuita a toda la población que lo requiera.
En la práctica, el carné cumple tres funciones: le dice a la familia en qué va el esquema, le permite al profesional de la siguiente atención saber qué se aplicó, y sirve de respaldo cuando la persona cambia de ciudad, de asegurador o de prestador. Por eso vale la pena que el dato que se escribe en el carné y el que queda en el sistema sean el mismo.
Los que el propio lineamiento se ocupa de prevenir, que son los que conviene revisar en una auditoría interna:
La vacunación no es una isla dentro de la IPS: es una de las intervenciones de protección específica de la Ruta Integral de Atención para la Promoción y Mantenimiento de la Salud, adoptada por la Resolución 3280 de 2018. Eso significa que la dosis que se aplica en el punto de vacunación suele aparecer también en la valoración integral por curso de vida, y que el mismo paciente trae otros tamizajes y controles.
Otros programas de la ruta. En la misma valoración integral por curso de vida está la detección temprana del riesgo cardiovascular y metabólico, que en la IPS se organiza como un programa con captación, seguimiento y metas de control. Si esa es la otra pata de su operación preventiva, la guía de riesgo cardiovascular en la IPS la recorre completa.
Este 24 de octubre, además, es el Día Mundial contra la Polio, una buena fecha para revisar coberturas y esquemas incompletos con el equipo de vacunación.
En Medifolios el historial de vacunación del paciente vive en su ficha, en Programas Especiales, junto al resto de su historia clínica, que es lo que el profesional consulta en la siguiente atención.
Por cada vacuna se registran la fecha de aplicación, la fecha programada del próximo refuerzo y el lote. Desde el registro del paciente se imprime su carné de vacunación, y hay una pestaña aparte para el carné de vacunación VIH. La fecha del próximo refuerzo queda escrita en la ficha del paciente para que el equipo la consulte y la gestione.
El reporte nominal va a PAIWEB, el sistema del Ministerio, con los usuarios y los soportes que exige el lineamiento; en Medifolios queda el historial del paciente.
Con el módulo de historia clínica de Medifolios el registro de vacunas del paciente queda en su ficha, con fecha de aplicación, fecha programada del próximo refuerzo y lote, y el carné se imprime desde ahí. Le mostramos cómo se ve con el flujo de su IPS.
📱 Solicita tu demo gratis →Es el programa con el que Colombia vacuna a su población contra enfermedades prevenibles por vacunación. Lo dirige el Ministerio de Salud y Protección Social, que publica cada año los Lineamientos para la gestión y administración del PAI. La Ley 2406 de 2024 ordena su modernización y actualización permanente y fija la universalidad y la gratuidad de las vacunas del programa.
En el micrositio de Vacunación del Ministerio de Salud y en el afiche del esquema de vacunación de Colombia del año en curso, además de los Lineamientos del PAI. El esquema se ajusta por lineamiento del Ministerio, así que conviene consultar siempre la versión oficial vigente y no una tabla copiada.
PAIWEB es el Sistema de Información Nominal del PAI, administrado por el Ministerio de Salud y Protección Social. Los Lineamientos del PAI 2026 piden el ingreso oportuno del 100% de la información nominal en PAIWEB a las IPS públicas y privadas que hayan prestado el servicio de vacunación, con criterios de oportunidad y calidad, y el registro antes del egreso en las instituciones que prestan atención de partos.
No. Los Lineamientos del PAI 2026 piden asegurar el suministro del carné de vacunación infantil, de adulto y del certificado internacional de vacunación de manera gratuita a toda la población que lo requiera.
No. El registro nominal se hace en el sistema del Ministerio. Lo que Medifolios guarda es el historial de vacunación del paciente dentro de su historia clínica: en la ficha del paciente, en Programas Especiales, se registran por cada vacuna la fecha de aplicación, la fecha programada del próximo refuerzo y el lote, y desde el registro del paciente se imprime su carné de vacunación.