Normatividad

La Custodia de la Historia Clínica No Se Terceriza: Responsabilidad Legal de los Prestadores de Salud en Colombia

31/12/2025  |  10 min de lectura  |  María Mercedes Delgado
La custodia de la historia clínica es responsabilidad legal del prestador, no del software. Conozca las obligaciones de conservación por 20 años y qué hacer en migraciones o cierre de IPS.
Custodia de la Historia Clínica - Responsabilidad Legal en Colombia

La custodia de la historia clínica: una responsabilidad legal indelegable del prestador de salud

Autor: María Mercedes Delgado

Especialista en Normatividad de Salud

Fecha de publicación: 31 de diciembre de 2025

Tiempo de lectura: 10 minutos

La historia clínica es un documento de carácter privado, obligatorio, sometido a reserva y con valor probatorio. Su gestión no depende de la modalidad física o electrónica, sino del cumplimiento de los deberes que la ley asigna al prestador del servicio de salud.


Marco Normativo: 20 Años de Custodia Obligatoria

La Resolución 1995 de 1999 establece de forma expresa que la historia clínica debe conservarse por un periodo mínimo de 20 años, contados a partir de la fecha de la última atención. De este tiempo:

Archivo de Gestión

Mínimo 5 años deben permanecer en el archivo de gestión del prestador, con acceso directo y disponibilidad inmediata.

Archivo Central

Mínimo 15 años en el archivo central, manteniendo condiciones de seguridad, confidencialidad e integridad.

Importante

Solo una vez cumplido este término de 20 años, la norma permite su destrucción conforme a los procedimientos establecidos. Esta disposición no admite interpretaciones: la obligación de conservar la historia clínica recae directamente sobre la entidad o el profesional de la salud, no sobre el sistema que la administra.


La Custodia de la Información en el Marco de la Habilitación

Por su parte, la Resolución 3100 de 2019, que regula las condiciones de habilitación de los servicios de salud, refuerza este deber al exigir que la historia clínica y los demás registros asistenciales se conserven en archivos únicos, garantizando en todo momento:

  • Custodia adecuada de los documentos
  • Confidencialidad de la información protegida
  • Integridad de los registros protegidos por reserva legal

En este contexto, el software de historia clínica no es el custodio legal de la información, sino una herramienta tecnológica que facilita su gestión.

La responsabilidad de cumplir con la conservación, seguridad y disponibilidad de los registros permanece en cabeza del prestador, incluso cuando decide cambiar de proveedor tecnológico.

Escenarios Críticos: Migración, Liquidación o Cierre Definitivo

Uno de los momentos de mayor riesgo en la gestión de la historia clínica ocurre cuando una entidad decide:

Migración

Cambiar de proveedor tecnológico

Liquidación

Liquidar la IPS o clínica

Cierre

Cerrar definitivamente el consultorio

En estos escenarios, es común asumir erróneamente que la finalización de la operación asistencial o tecnológica implica también el fin de la responsabilidad sobre la información clínica.

Error Común

Desde el punto de vista normativo, esta interpretación es incorrecta.

La terminación de un contrato de software, el cambio de proveedor o el cierre del prestador no extinguen la obligación de conservar la historia clínica durante el tiempo exigido por la ley.

Migración Tecnológica: Responsabilidad del Prestador

En los procesos de migración tecnológica, el proveedor saliente cumple su obligación cuando entrega los respaldos completos de la información conforme a lo pactado contractualmente. A partir de ese momento:

  1. La custodia del dato recae plenamente en la entidad de salud
  2. El prestador debe garantizar su integridad, confidencialidad y disponibilidad
  3. La falta de validación, restauración o aseguramiento de dichos respaldos constituye una omisión atribuible al prestador, no al sistema que dejó de operar

Liquidación o Cierre Definitivo: La Obligación Permanece

El escenario es aún más sensible cuando se trata de liquidación o cierre definitivo de una IPS, clínica o consultorio. El cese de actividades asistenciales no elimina la obligación legal de resguardar la historia clínica.

Por el contrario, exige una gestión documental rigurosa que garantice la existencia de un archivo único, físico o electrónico, que preserve la información clínica bajo condiciones de seguridad y reserva.

Debe permitirse el acceso ante requerimientos de pacientes, autoridades sanitarias o instancias judiciales.

Claridad Normativa

La normativa colombiana no contempla el cierre institucional como causal de pérdida, abandono o imposibilidad de acceso a la historia clínica.


El Respaldo No Es un Archivo: Es un Proceso Obligatorio

Contar con un backup no equivale a cumplir la norma. El resguardo efectivo de la historia clínica exige un proceso técnico y organizacional que incluya, como mínimo:

Verificación Técnica
  • Verificación de la integridad de los respaldos entregados
  • Pruebas documentadas de restauración
  • Almacenamiento seguro y controlado
Gestión Organizacional
  • Definición de responsables institucionales de custodia
  • Políticas de conservación y continuidad documental
  • Procedimientos de acceso y consulta autorizados

Incumplimiento Legal

La ausencia de estos elementos no es un error operativo menor, sino un incumplimiento de las obligaciones legales del prestador de servicios de salud.


Recomendaciones para Prestadores de Salud

Desde la experiencia en la implementación de sistemas de información en salud, es importante señalar que los proveedores tecnológicos que operan bajo el marco normativo colombiano cumplen su rol cuando entregan de manera íntegra y verificable los respaldos de la información clínica, conforme a lo establecido contractualmente y a los requerimientos de cada entidad.

En este sentido, resulta indispensable que las IPS, clínicas y profesionales de la salud adopten una postura activa y responsable frente a la gestión de su información clínica:

Checklist de Cumplimiento


El Compromiso de Medifolios con la Normatividad

En Medifolios, la operación se ha orientado siempre al cumplimiento estricto de la normativa vigente, garantizando la entrega formal de los backups con la información clínica requerida por las instituciones al momento de finalizar una relación contractual.

Claridad sobre Responsabilidades

A partir del momento de la entrega de los respaldos, la custodia y conservación de la historia clínica corresponde exclusivamente al prestador de servicios de salud, tal como lo exige la regulación colombiana.


Conclusiones

Responsabilidad Legal

La custodia de la historia clínica es una responsabilidad legal indelegable del prestador de servicios de salud, que se mantiene durante 20 años mínimo.

El Software es una Herramienta

El software de historia clínica es una herramienta, no el custodio legal. La responsabilidad permanece en el prestador incluso al cambiar de proveedor.

Migración y Cierre

La migración tecnológica o el cierre del prestador no extinguen la obligación de conservar y custodiar la información clínica.

Gestión Activa

Los prestadores deben adoptar una gestión activa: verificar respaldos, definir responsables y mantener políticas de conservación.

Mensaje Final

La gestión adecuada de la historia clínica no solo protege al prestador frente a requerimientos legales, sino que garantiza la continuidad asistencial, la seguridad del paciente y el cumplimiento de las condiciones de habilitación.

Es una responsabilidad compartida entre la normatividad, el prestador y los proveedores tecnológicos, pero la custodia legal siempre recae en quien presta el servicio de salud.


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