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Normatividad

La Custodia de la Historia Clínica No Se Terceriza: Responsabilidad Legal de los Prestadores de Salud en Colombia

31/12/2025  |  10 min de lectura  |  María Mercedes Delgado
La custodia de la HC es responsabilidad del prestador. Conservación 15 años (Res. 839/2017), migraciones y cierre de IPS según normativa colombiana.
Custodia de la Historia Clínica - Responsabilidad Legal en Colombia

La custodia de la historia clínica: una responsabilidad legal indelegable del prestador de salud

Autor: María Mercedes Delgado

Especialista en Normatividad de Salud

Fecha de publicación: 31 de diciembre de 2025

Tiempo de lectura: 10 minutos

La historia clínica es un documento de carácter privado, obligatorio, sometido a reserva y con valor probatorio. Su gestión no depende de la modalidad física o electrónica, sino del cumplimiento de los deberes que la ley asigna al prestador del servicio de salud.


Marco Normativo: 15 Años de Custodia Obligatoria

El término vigente no está en la Resolución 1995 de 1999, sino en el artículo 3 de la Resolución 839 de 2017, expedida por el Ministerio de Salud y Protección Social y el Ministerio de Cultura, que modificó ese plazo: la historia clínica debe retenerse y conservarse por el responsable de su custodia durante un periodo mínimo de 15 años, contados a partir de la fecha de la última atención. De este tiempo:

Archivo de Gestión

Los 5 primeros años deben permanecer en el archivo de gestión del prestador, con acceso directo y disponibilidad inmediata.

Archivo Central

Los 10 años siguientes en el archivo central, manteniendo condiciones de seguridad, confidencialidad e integridad.

Importante

Cumplir los 15 años no basta por sí solo para eliminar nada: la norma exige además surtir el procedimiento de publicación y la valoración documental que se explican más adelante. Y hay dos casos en los que el plazo cambia. Para las historias clínicas de víctimas de violaciones de derechos humanos o de infracciones graves al Derecho Internacional Humanitario, los términos de retención y conservación se duplican. Si la historia llega a formar parte de un proceso relacionado con delitos de lesa humanidad, la conservación es permanente. En todos los casos, la obligación de conservar recae directamente sobre la entidad o el profesional de la salud, no sobre el sistema que la administra.


La Custodia de la Información en el Marco de la Habilitación

Por su parte, la Resolución 3100 de 2019, que regula las condiciones de habilitación de los servicios de salud, refuerza este deber al exigir que la historia clínica y los demás registros asistenciales se conserven en archivos únicos, garantizando en todo momento:

  • Custodia adecuada de los documentos
  • Confidencialidad de la información protegida
  • Integridad de los registros protegidos por reserva legal

En este contexto, el software de historia clínica no es el custodio legal de la información, sino una herramienta tecnológica que facilita su gestión.

La responsabilidad de cumplir con la conservación, seguridad y disponibilidad de los registros permanece en cabeza del prestador, incluso cuando decide cambiar de proveedor tecnológico.

Escenarios Críticos: Migración, Liquidación o Cierre Definitivo

Uno de los momentos de mayor riesgo en la gestión de la historia clínica ocurre cuando una entidad decide:

Migración

Cambiar de proveedor tecnológico

Liquidación

Liquidar la IPS o clínica

Cierre

Cerrar definitivamente el consultorio

En estos escenarios, es común asumir erróneamente que la finalización de la operación asistencial o tecnológica implica también el fin de la responsabilidad sobre la información clínica.

Error Común

Desde el punto de vista normativo, esta interpretación es incorrecta.

La terminación de un contrato de software, el cambio de proveedor o el cierre del prestador no extinguen la obligación de conservar la historia clínica durante el tiempo exigido por la ley.

Migración Tecnológica: Responsabilidad del Prestador

En los procesos de migración tecnológica, el proveedor saliente cumple su obligación cuando entrega los respaldos completos de la información conforme a lo pactado contractualmente. A partir de ese momento:

  1. La custodia del dato recae plenamente en la entidad de salud
  2. El prestador debe garantizar su integridad, confidencialidad y disponibilidad
  3. La falta de validación, restauración o aseguramiento de dichos respaldos constituye una omisión atribuible al prestador, no al sistema que dejó de operar

Liquidación o Cierre Definitivo: La Obligación Permanece

El escenario es aún más sensible cuando se trata de liquidación o cierre definitivo de una IPS, clínica o consultorio. El cese de actividades asistenciales no elimina la obligación legal de resguardar la historia clínica.

Por el contrario, exige una gestión documental rigurosa que garantice la existencia de un archivo único, físico o electrónico, que preserve la información clínica bajo condiciones de seguridad y reserva.

Debe permitirse el acceso ante requerimientos de pacientes, autoridades sanitarias o instancias judiciales.

Claridad Normativa

La normativa colombiana no contempla el cierre institucional como causal de pérdida, abandono o imposibilidad de acceso a la historia clínica.

Lo que Exige la Resolución 839 de 2017 al Cerrar o Liquidar

El procedimiento está en el capítulo III de la Resolución 839 de 2017. Su artículo 6 cubre por igual a las entidades del SGSSS en liquidación y al profesional independiente que decide no continuar prestando el servicio: unas y otro deben entregar las historias clínicas a los usuarios, a sus representantes legales o a sus apoderados antes del cierre, dejando constancia en el formato de inventario documental del Acuerdo 042 de 2002 del Archivo General de la Nación. Para esa entrega se publican como mínimo dos avisos en un diario de amplia circulación nacional, con un intervalo de ocho (8) días, indicando plazo y condiciones; ese plazo puede extenderse hasta por dos meses más desde el último aviso.

Lo que no alcance a entregarse no se abandona. El liquidador o el profesional levanta un acta con los datos de quienes no reclamaron su historia y la remite, junto con los expedientes, a la EPS a la que se encuentre afiliado el usuario, con copia a la Superintendencia Nacional de Salud y a la entidad departamental o distrital de salud. Si el usuario no tiene afiliación, el artículo 7 ordena entregar su historia a la entidad departamental o distrital de salud donde se prestó el servicio. Y el artículo 8 resuelve el caso del profesional independiente que fallece: son sus herederos quienes entregan las historias a esa misma entidad territorial.

La Eliminación de una Historia Clínica Tiene su Propio Procedimiento

Cumplir los 15 años no autoriza por sí solo a destruir nada. El artículo 4 exige que concurran tres condiciones: tiempo de retención cumplido, publicación de los avisos surtida y valoración orientada a determinar si la información posee valor secundario (científico, histórico o cultural) en los términos del Archivo General de la Nación, de la que queda un acta firmada por el representante legal y por el revisor fiscal cuando haya lugar, acompañada del inventario; el profesional independiente la suscribe solo. Las historias con valor secundario se conservan de forma permanente.

El artículo 5 separa luego el procedimiento según el responsable: las entidades públicas siguen el artículo 15 del Acuerdo 004 de 2013 del Archivo General de la Nación, mientras que las entidades privadas y los profesionales independientes levantan un acta de eliminación con la fecha y el número de expedientes y elaboran el inventario documental en el Formato Único de Inventario Documental, que deben publicar.

Dónde Termina el Software

Los avisos en prensa, las actas, la valoración documental y las entregas a la EPS o a la entidad territorial son actuaciones del prestador, no del sistema que administra la información. Un software de historia clínica ayuda a que los expedientes estén completos, disponibles e inventariables cuando llegue ese momento, pero no cumple el trámite en lugar del prestador.


El Respaldo No Es un Archivo: Es un Proceso Obligatorio

Contar con un backup no equivale a cumplir la norma. El resguardo efectivo de la historia clínica exige un proceso técnico y organizacional que incluya, como mínimo:

Verificación Técnica
  • Verificación de la integridad de los respaldos entregados
  • Pruebas documentadas de restauración
  • Almacenamiento seguro y controlado
Gestión Organizacional
  • Definición de responsables institucionales de custodia
  • Políticas de conservación y continuidad documental
  • Procedimientos de acceso y consulta autorizados

Incumplimiento Legal

La ausencia de estos elementos no es un error operativo menor, sino un incumplimiento de las obligaciones legales del prestador de servicios de salud.


Recomendaciones para Prestadores de Salud

Desde la experiencia en la implementación de sistemas de información en salud, es importante señalar que los proveedores tecnológicos que operan bajo el marco normativo colombiano cumplen su rol cuando entregan de manera íntegra y verificable los respaldos de la información clínica, conforme a lo establecido contractualmente y a los requerimientos de cada entidad.

En este sentido, resulta indispensable que las IPS, clínicas y profesionales de la salud adopten una postura activa y responsable frente a la gestión de su información clínica:

Checklist de Cumplimiento


El Compromiso de Medifolios con la Normatividad

En Medifolios, la operación se ha orientado siempre al cumplimiento estricto de la normativa vigente, garantizando la entrega formal de los backups con la información clínica requerida por las instituciones al momento de finalizar una relación contractual.

Claridad sobre Responsabilidades

A partir del momento de la entrega de los respaldos, la custodia y conservación de la historia clínica corresponde exclusivamente al prestador de servicios de salud, tal como lo exige la regulación colombiana.


Conclusiones

Responsabilidad Legal

La custodia de la historia clínica es una responsabilidad legal indelegable del prestador de servicios de salud, que se mantiene durante 15 años mínimo.

El Software es una Herramienta

El software de historia clínica es una herramienta, no el custodio legal. La responsabilidad permanece en el prestador incluso al cambiar de proveedor.

Migración y Cierre

La migración tecnológica o el cierre del prestador no extinguen la obligación de conservar y custodiar la información clínica.

Gestión Activa

Los prestadores deben adoptar una gestión activa: verificar respaldos, definir responsables y mantener políticas de conservación.

Mensaje Final

La gestión adecuada de la historia clínica no solo protege al prestador frente a requerimientos legales, sino que garantiza la continuidad asistencial, la seguridad del paciente y el cumplimiento de las condiciones de habilitación.

Es una responsabilidad compartida entre la normatividad, el prestador y los proveedores tecnológicos, pero la custodia legal siempre recae en quien presta el servicio de salud.


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En Medifolios te acompañamos en el cumplimiento normativo y la gestión segura de tu información clínica.

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